Quando uma NFe está vinculada a um CT-e ou MDF-e não poderá ser cancelada. Caso o emitente da NF-e tente cancelar a NFe com vínculo com um CT-e ou MDF-e a Sefaz retornará a rejeição "690 - Pedido de cancelamento para NF-e com CT-e ou MDF-e".
Para que a NF-e possa ser Cancelada, o emitente do CT-e ou MDF-e deve Cancelar o seu Documento Fiscal que está referenciando a NF-e. A partir do momento que o CT-e ou MDF-e forem Cancelados, a NF-e poderá também ser Cancelada.
referência: Nota Técnica 2013/008 Cancelamento de NF-e