O número padrão de casas decimais do item da NFe pode ser configurado através do parâmetro NOTA_FISCAL / NRO_CASAS_DECIMAIS / parametro01, uma vez alterado é necessário entrar novamente no sistema para a quantidade nova ser assumida.
obs: esta configuração será para todas as novas notas fiscais
Veja também: Definindo nr. de casas decimais do valor unitário do item da NFe